Šias identifikuotas problemas sąlygojo dvi esminės priežastys su joms būdingais iššūkiais, kurios sprendžiamos teikiamu projektu, siekiant užsibrėžto tikslo: 1. Mokslo studijų institucijoms (toliau – MSI) sunku planuoti ir paskirstyti ribotus administracinius ir mokslinius resursus paraiškoms konkursiniam finansavimui rengti, nes stinga ilgalaikio ir aiškaus kvietimų grafiko, tenka prisitaikyti prie daugybės smulkių MTEP priemonių skirtingų reikalavimų. Tyrėjai priversti nuolat dalyvauti intensyviame paraiškų rašymo cikle, nes daugelis priemonių orientuotos į trumpos apimties projektus. Tai neleidžia tyrėjams ir MSI vystyti ilgesnio periodo, didesnės apimties ir kartu mokslinės ambicijos MTEP veiklas. Mažas valstybės biudžeto finansavimas MTEP reiškia, kad MTEP rezultatai tampa itin priklausomi nuo ES struktūrinių fondų finansavimo, o ES ilgamečių finansavimo periodų sandūros metu patiriami ES finansavimo trūkiai nėra amortizuojami. ES fondų lėšų naudojimo taisyklės apriboja valstybės galimybes formuoti norimą MTEP politiką, ko pasėkoje orientacija į komercinį potencialą turintį MTEP nuošalėje palieka svarbius fundamentinių mokslinių tyrimų klausimus, o projektų įgyvendinimo lygmeniu per daug susitelkiama į proceso, o ne rezultato kontrolę. Lietuvos MSI įsitraukimas į tarptautinių MTEP tinklų institucinių darinių panaudojimas tinklaveikai lieka vangus. MSI neišnaudoja galimybių aktyviu dalyvavimu plėsti partnerysčių tinklą, su globalioje mokslo rinkoje savo vardą įtvirtinusiais tarptautiniais partneriais sukaupusiais didžiausią patirtį konkrečioje mokslo srityje plėtoti MTEP idėjas bei rengti bendras paraiškas. 2. Lietuvos tyrėjų dalyvavimo tarptautinėse MTEP programose apimtys išlieka ribotos. Lietuva pagal sėkmės rodiklį tarptautinėse programose lenkia ES vidurkį, tačiau gerokai atsilieka pagal paraiškų skaičių. Tai gali būti lemiama to, kad stipriesiems lengviau konkuruoti vietinėje rinkoje, o silpnieji (fragmentacija, žmogiškųjų pajėgumų trūkumas) stinga gebėjimų, tad irgi apsiriboja vietinės reikšmės projektais ir nepretenduoja į finansinę paramą pagal tarptautinių programų kvietimus. Visa tai rodo, kad Lietuvos MSI ir verslo įmonėms stinga suinteresuotumo dalyvauti tarptautinėse MTEP programose, taip pat gebėjimų ir patirties rengiant ir administruojant tarptautines paraiškas ir projektus. Dalyvavimą tarptautinėse programose apsunkina ir projektų kofinansavimo schemų trūkumas.